Stjórn Lundar ses skipa fimm fulltrúar. Tveir fulltrúar eru skipaðir af skólanefnd Menntaskólans á Akureyri og tveir fulltrúar samkvæmt tilnefningu Verkmenntaskólans á Akureyri. Fimmti fulltrúinn er formaður heimavistarráðs á hverjum tíma eða fulltrúi tilnefndur af heimavistarráði. Varafulltrúar í stjórn Lundar eru þrír, einn tilnefndur af MA og annar af VMA. Þriðji varafulltrúinn er varaformaður heimavistarráðs hverju sinni.
Skólameistarar Menntaskólans á Akureyri og Verkmenntaskólans á Akureyri hafa rétt á setu á stjórnarfundum Lundar án atkvæðisréttar.
Stjórn Lundar skólaárið 2024-2025
Óli Þór Jónsson, formaður stjórnar
Björk Guðmundsdóttir
Guðmundur Baldvin Guðmundsson
Harpa Ævarsdóttir
Jóhannes Þór Hjörleifsson, fyrir hönd heimavistarráðs
Varamenn:
Kristín Elva Viðarsdóttir
Svava Hrönn Magnúsdóttir